O coração de cada cytometer é uma pilha de fluxo do vidro de quartzo da elevada precisão com um canal superfine. Este canal fornece a estabilidade do sistema fluidic e permite assim a análise ótica precisa de únicas pilhas ou partículas.
O canal de fluxo tem tipicamente um perfil quadrado ou retangular do canal com dimensões somente de alguns centésimo de um milímetro com superfícies altamente lustradas.
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