Para os sistemas de microdissecação a laser Leica, a Leica Microsystems fornece um software poderoso, amigável e fácil de usar. Esse software contém todos os recursos necessários para um processo de microdissecação bem-sucedido, permitindo ao usuário selecionar, dissecar e visualizar dissecções facilmente.
O software também habilita o usuário a orientar diretamente o feixe de laser com o mouse ou até mesmo com uma caneta em uma tela sensível ao toque. Uma visão geral da amostra para melhor orientação também está contida no pacote de software como o modo de corte de secção serial (SSC, Serial Section Cutting), o modo "Draw and Scan" (Desenhar e Examinar), uma função de vídeo de série temporal e muito mais.