A MSI MS-98E1 é uma motherboard industrial Mini-ITX concebida para soluções de elevado desempenho, suportando processadores Intel® Kaby Lake e Skylake de 7ª e 6ª geração com chipsets C236/H110. Inclui duas ranhuras SODIMM DDR4 2400 MHz para até 32 GB de memória. A placa-mãe suporta três monitores independentes via VGA, DVI-D, HDMI™ e LVDS, e possui duas portas LAN GbE. As capacidades de expansão incluem ranhuras PCIe x16, Mini-PCIe (tamanho normal com suporte SIM) e Mini-PCIe (meio tamanho), bem como mSATA, M.2 M Key e quatro portas SATA 3.0 para armazenamento com suporte RAID. As opções de conetividade incluem quatro portas USB 3.2 Gen 1, cinco portas USB 2.0, cinco portas COM, GPIO, PS/2, áudio e um conetor para a ventoinha do sistema, e suporta Intel® AMT 11.x para capacidade de gestão.
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